./.codecov.yml LICENSE Project.toml docs/Project.toml docs/make.jl docs/src/assets/logo.svg src/XAM.jl src/bam/auxdata.jl src/bam/bai.jl src/bam/bam.jl src/bam/overlap.jl src/bam/reader.jl src/bam/record.jl src/bam/writer.jl src/sam/flags.jl src/sam/header.jl src/sam/metainfo.jl src/sam/reader.jl src/sam/readrecord.jl src/sam/record.jl src/sam/sam.jl src/sam/writer.jl test/runtests.jl test/test_bam.jl test/test_crosscheck.jl test/test_sam.jl <<<<<< network # path=./lcov.info SF:src/XAM.jl LH:0 LF:0 end_of_record SF:src/bam/auxdata.jl DA:5,8 DA:9,6 DA:10,24 DA:14,2 DA:17,64 DA:19,26 DA:21,6 DA:25,80 DA:26,5 DA:31,20 DA:32,20 DA:33,40 DA:34,23 DA:35,20 DA:36,0 DA:38,40 DA:46,20 DA:47,0 DA:52,40 DA:53,20 DA:54,0 DA:56,20 DA:57,23 DA:58,20 DA:63,166 DA:78,40 DA:79,2 DA:82,38 DA:87,64 DA:91,0 DA:95,2 DA:99,2 DA:104,6 DA:106,6 DA:112,454 DA:113,79 DA:116,23 DA:117,0 DA:120,23 DA:127,210 DA:130,105 DA:131,3 DA:134,204 DA:135,66 DA:138,72 DA:139,10 DA:142,52 DA:143,12 DA:146,14 DA:147,4 DA:150,10 DA:151,0 DA:154,20 DA:155,1838868 DA:156,919426 DA:158,8 DA:162,2 DA:163,2 DA:164,10 DA:170,2 DA:173,0 LH:54 LF:61 end_of_record SF:src/bam/bai.jl DA:10,5 DA:22,0 DA:31,0 DA:37,5 DA:41,20 DA:42,0 DA:47,5 DA:48,5 DA:49,5 DA:51,0 DA:54,10 LH:7 LF:11 end_of_record SF:src/bam/bam.jl LH:0 LF:0 end_of_record SF:src/bam/overlap.jl DA:5,58 DA:11,0 DA:15,5 DA:19,2 DA:23,0 DA:27,114 DA:36,61 DA:49,61 DA:50,61 DA:51,0 DA:53,61 DA:54,244 DA:55,61 DA:58,61 DA:59,61 DA:63,139158 DA:65,220230 DA:67,73379 DA:68,73379 DA:69,69487 DA:71,3892 DA:73,31 DA:77,62 DA:78,62 DA:81,61 DA:87,1716387 DA:89,12260 DA:92,1679607 DA:94,421263 DA:98,138606 LH:27 LF:30 end_of_record SF:src/bam/reader.jl DA:14,46 DA:23,1 DA:27,0 DA:31,45 DA:32,5 DA:37,5 DA:42,1 DA:43,1 DA:54,101 DA:55,57 DA:56,2 DA:57,0 DA:60,2 DA:61,6 DA:64,57 DA:68,62 DA:72,100 DA:76,533109 DA:77,91 DA:79,1065854 DA:85,92 DA:86,46 DA:87,46 DA:88,46 DA:90,184 DA:91,0 DA:96,46 DA:102,46 DA:104,641 DA:108,641 DA:111,46 DA:115,92 DA:125,92 DA:129,1212814 DA:133,606316 DA:134,606316 DA:139,606316 LH:34 LF:37 end_of_record SF:src/bam/record.jl DA:28,602575 DA:36,0 DA:40,3 DA:44,1 DA:46,2 DA:47,1 DA:48,1 DA:52,112 DA:68,602414 DA:74,602414 DA:75,602414 DA:76,602414 DA:80,7 DA:95,7 DA:99,2 DA:100,1 DA:107,0 DA:111,0 DA:113,0 DA:115,0 DA:116,0 DA:119,1 DA:124,606417 DA:137,53 DA:138,56 DA:142,0 DA:151,5 DA:162,2 DA:173,2 DA:186,1 DA:187,572131 DA:191,0 DA:196,1 DA:197,0 DA:199,2 DA:200,0 DA:202,1 DA:213,1 DA:215,2 DA:224,0 DA:225,0 DA:226,0 DA:230,0 DA:239,52 DA:240,1132055 DA:244,2 DA:253,1 DA:254,1144264 DA:258,0 DA:267,0 DA:276,1 DA:277,1 DA:281,2 DA:290,0 DA:291,0 DA:292,0 DA:293,0 DA:294,0 DA:295,0 DA:297,0 DA:301,0 DA:310,52 DA:311,52 DA:315,2 DA:324,102 DA:328,0 DA:344,572243 DA:362,218 DA:363,56 DA:364,205560 DA:366,112 DA:384,4 DA:385,63 DA:387,63 DA:393,63 DA:397,277587 DA:399,63 DA:403,572268 DA:404,572268 DA:405,1144420 DA:407,116 DA:408,110 DA:411,3 DA:412,0 DA:414,3 DA:415,3 DA:416,3 DA:417,3 DA:418,0 DA:422,3 DA:423,0 DA:429,6 DA:438,1 DA:439,1 DA:440,0 DA:444,2 DA:445,1 DA:446,3 DA:448,2 DA:449,1 DA:450,0 DA:451,1 DA:452,1 DA:454,0 DA:456,6 DA:458,2 DA:462,0 DA:471,572132 DA:473,572132 DA:476,893092 DA:477,1572208 DA:480,572132 DA:489,52 DA:491,53 DA:495,2 DA:504,51 DA:505,51 DA:509,0 DA:518,53 DA:520,53 DA:521,1 DA:525,52 DA:528,364 DA:530,52 DA:534,2 DA:543,1 DA:544,78 DA:548,0 DA:557,2 DA:560,2 DA:564,2 DA:573,2 DA:574,4 DA:578,0 DA:582,14 DA:584,14 DA:585,56 DA:589,0 DA:590,0 DA:591,0 DA:592,0 DA:596,4 DA:600,3 DA:608,2 DA:612,2 DA:616,2 DA:620,2 DA:624,2 DA:628,2 DA:632,2 DA:636,4 DA:640,0 DA:649,1398163 DA:650,2796324 DA:653,0 DA:658,2276732 DA:659,1 DA:664,3 DA:665,38 DA:670,0 LH:118 LF:160 end_of_record SF:src/bam/writer.jl DA:14,14 DA:18,14 DA:20,14 DA:21,209 DA:22,418 DA:24,14 DA:25,14 DA:29,0 DA:33,17053 DA:34,34106 DA:35,17053 DA:36,17053 DA:40,28 DA:44,14 DA:47,14 DA:48,14 DA:50,14 DA:54,14 DA:55,209 DA:57,209 DA:58,209 DA:61,14 LH:21 LF:22 end_of_record SF:src/sam/flags.jl LH:0 LF:0 end_of_record SF:src/sam/header.jl DA:5,92 DA:14,2 DA:18,56 DA:22,0 DA:26,0 DA:30,4 DA:34,441 DA:35,44 DA:37,352 DA:46,474 DA:50,0 DA:51,0 DA:55,2 DA:56,984 LH:10 LF:14 end_of_record SF:src/sam/metainfo.jl DA:6,1076 DA:16,2443 DA:25,2147 DA:26,1076 DA:29,1076 DA:51,4 DA:81,8 DA:82,4 DA:84,0 DA:86,1 DA:87,6 DA:88,3 DA:89,3 DA:90,12 DA:93,0 DA:95,4 DA:99,0 DA:100,0 DA:101,0 DA:102,0 DA:103,0 DA:104,0 DA:108,6 DA:112,0 DA:116,1141 DA:117,0 DA:122,1356 DA:123,0 DA:125,1808 DA:126,872 DA:130,6 DA:131,3 DA:135,2 DA:136,1 DA:137,4 DA:140,1 DA:143,1 DA:149,3 DA:153,128 DA:155,352 DA:168,11 DA:177,2 DA:178,4 DA:187,2 DA:188,3 DA:197,1 DA:198,1 DA:199,0 DA:201,1 DA:205,2 DA:206,4 DA:207,1 DA:209,6 DA:213,2 DA:214,4 DA:215,1 DA:217,6 DA:221,9 DA:225,842 DA:226,421 DA:227,1 DA:229,420 DA:233,424 DA:234,424 DA:235,0 DA:237,1696 DA:238,424 DA:239,1059 DA:240,637 DA:243,2 LH:57 LF:70 end_of_record SF:src/sam/reader.jl DA:5,43 DA:13,89 DA:15,89 DA:17,89 DA:32,43 DA:38,89 DA:43,1 DA:47,0 DA:56,4 DA:60,33 DA:63,31 DA:68,6 DA:69,6 DA:70,0 DA:72,6 DA:77,1 DA:78,1 DA:79,0 DA:81,1 DA:85,28273 DA:86,41 DA:88,14075 DA:99,14132 DA:105,14124 DA:106,41 DA:107,0 DA:109,14083 LH:23 LF:27 end_of_record SF:src/sam/readrecord.jl DA:13,0 DA:15,0 DA:16,0 DA:17,0 DA:18,0 DA:19,0 DA:21,0 DA:22,0 DA:23,0 DA:24,0 DA:26,0 DA:27,0 DA:28,0 DA:29,0 DA:30,0 DA:31,0 DA:32,0 DA:33,0 DA:35,0 DA:37,0 DA:38,0 DA:40,0 DA:41,0 DA:42,0 DA:44,0 DA:45,0 DA:46,0 DA:48,0 DA:50,0 DA:51,0 DA:53,0 DA:54,0 DA:55,0 DA:56,0 DA:58,0 DA:59,0 DA:60,0 DA:62,0 DA:63,0 DA:64,0 DA:66,0 DA:67,0 DA:68,0 DA:70,0 DA:71,0 DA:72,0 DA:74,0 DA:75,0 DA:76,0 DA:78,0 DA:79,0 DA:80,0 DA:82,0 DA:83,0 DA:84,0 DA:86,0 DA:87,0 DA:88,0 DA:90,0 DA:91,0 DA:92,0 DA:94,0 DA:95,0 DA:96,0 DA:98,0 DA:99,0 DA:100,0 DA:101,0 DA:102,0 DA:103,0 DA:104,0 DA:105,0 DA:106,0 DA:108,0 DA:110,0 DA:111,0 DA:113,0 DA:127,0 DA:128,0 DA:130,0 DA:131,0 DA:132,0 DA:134,0 DA:137,0 DA:138,0 DA:139,0 DA:141,0 DA:142,0 DA:144,0 DA:146,0 DA:165,15070 DA:168,15070 DA:169,15070 DA:197,980 DA:203,178 DA:271,89 DA:284,12 DA:285,0 DA:288,12 DA:289,6 DA:311,131 DA:312,0 DA:315,131 DA:316,89 DA:321,89 DA:338,1832218 DA:339,0 DA:346,1832218 DA:347,14084 DA:356,1818133 DA:357,41 DA:379,14124 LH:19 LF:112 end_of_record SF:src/sam/record.jl DA:6,14120 DA:29,6 DA:47,1 DA:60,1 DA:70,2 DA:74,2 DA:78,105 DA:95,4 DA:96,2 DA:98,1 DA:99,3 DA:100,1 DA:101,3 DA:102,3 DA:103,1 DA:104,1 DA:105,3 DA:106,3 DA:107,2 DA:108,1 DA:110,1 DA:111,0 DA:114,1 DA:119,0 DA:120,0 DA:124,7002 DA:125,7002 DA:129,0 DA:156,54 DA:157,58 DA:161,2 DA:170,13 DA:181,2 DA:190,3 DA:191,3 DA:192,0 DA:194,3 DA:198,7 DA:207,53 DA:212,60 DA:216,7 DA:225,12 DA:229,0 DA:238,0 DA:247,2 DA:248,2 DA:249,0 DA:251,2 DA:255,7 DA:264,52 DA:269,53 DA:273,5 DA:282,52 DA:284,53 DA:285,0 DA:287,53 DA:291,5 DA:300,55 DA:301,55 DA:303,25 DA:305,30 DA:309,7 DA:318,2 DA:319,2 DA:322,0 DA:327,0 DA:336,8 DA:337,0 DA:341,4 DA:343,54 DA:345,34 DA:347,40 DA:348,30 DA:351,74 DA:353,4 DA:362,55 DA:363,55 DA:364,0 DA:366,55 DA:370,7 DA:379,52 DA:384,53 DA:388,5 DA:397,53 DA:398,54 DA:400,1 DA:403,53 DA:405,53 DA:409,7 DA:417,1 DA:418,2 DA:427,1 DA:428,1 DA:429,0 DA:431,1 DA:435,0 DA:444,2 DA:445,2 DA:446,1 DA:449,1 DA:450,100 DA:452,1 DA:456,7 DA:465,1 DA:466,1 DA:475,0 DA:476,0 DA:480,0 DA:484,14 DA:485,7 DA:486,0 DA:492,7 DA:493,1 DA:498,14 DA:499,0 DA:500,0 DA:502,7 DA:503,6 DA:505,1 DA:507,0 DA:509,1 DA:510,1 DA:512,0 DA:513,0 DA:515,0 DA:516,0 DA:519,0 DA:524,0 DA:525,0 DA:529,0 DA:537,4 DA:541,2 DA:545,0 DA:549,2 DA:553,0 DA:557,4 DA:561,0 DA:565,2 DA:569,0 DA:577,7 DA:590,14082 DA:594,0 DA:598,14464 DA:599,1 DA:604,7 DA:605,7 DA:606,0 DA:608,28 DA:609,7 DA:611,45 DA:612,28 DA:615,0 DA:619,0 DA:620,0 DA:632,0 DA:634,0 DA:635,0 DA:637,0 DA:638,0 DA:640,0 DA:641,0 DA:643,0 DA:644,0 DA:646,0 DA:647,0 DA:649,0 DA:650,0 DA:652,0 DA:653,0 DA:656,0 DA:661,223 LH:116 LF:171 end_of_record SF:src/sam/sam.jl DA:22,113 DA:24,153 DA:26,113 DA:32,172 DA:34,2 DA:35,170 DA:37,0 DA:41,172 DA:42,172 DA:44,182 DA:46,172 LH:10 LF:11 end_of_record SF:src/sam/writer.jl DA:17,56 DA:19,28 DA:24,0 DA:29,42 DA:30,698 DA:32,42 DA:36,349 DA:37,349 DA:41,7002 DA:42,7002 LH:9 LF:10 end_of_record <<<<<< EOF