./.codecov.yml
LICENSE
Project.toml
docs/Project.toml
docs/make.jl
docs/src/assets/logo.svg
src/XAM.jl
src/bam/auxdata.jl
src/bam/bai.jl
src/bam/bam.jl
src/bam/overlap.jl
src/bam/reader.jl
src/bam/record.jl
src/bam/writer.jl
src/sam/flags.jl
src/sam/header.jl
src/sam/metainfo.jl
src/sam/reader.jl
src/sam/readrecord.jl
src/sam/record.jl
src/sam/sam.jl
src/sam/writer.jl
test/runtests.jl
test/test_bam.jl
test/test_crosscheck.jl
test/test_sam.jl
<<<<<< network
# path=./lcov.info
SF:src/XAM.jl
DA:1,2
LH:1
LF:1
end_of_record
SF:src/bam/auxdata.jl
DA:5,5
DA:9,6
DA:10,6
DA:14,2
DA:15,2
DA:16,2
DA:17,8
DA:18,6
DA:19,6
DA:21,2
DA:25,25
DA:26,5
DA:29,20
DA:30,0
DA:31,20
DA:32,20
DA:33,39
DA:34,40
DA:35,20
DA:36,0
DA:38,20
DA:46,20
DA:47,0
DA:52,40
DA:53,20
DA:54,0
DA:56,39
DA:57,40
DA:58,20
DA:62,40
DA:63,40
DA:76,40
DA:78,40
DA:79,2
DA:82,38
DA:87,32
DA:91,0
DA:95,2
DA:96,2
DA:97,2
DA:98,2
DA:99,2
DA:103,6
DA:104,6
DA:105,6
DA:106,6
DA:110,23
DA:112,102
DA:113,79
DA:116,23
DA:117,0
DA:120,23
DA:127,105
DA:128,105
DA:130,105
DA:131,3
DA:134,188
DA:135,66
DA:138,65
DA:139,10
DA:142,52
DA:143,12
DA:146,14
DA:147,4
DA:150,10
DA:151,0
DA:154,12
DA:155,919434
DA:156,919426
DA:158,8
DA:162,2
DA:163,2
DA:164,4
DA:168,2
DA:169,2
DA:170,2
DA:173,0
LH:69
LF:77
end_of_record
SF:src/bam/bai.jl
DA:10,5
DA:22,5
DA:30,0
DA:31,0
DA:37,5
DA:38,5
DA:39,5
DA:40,5
DA:41,10
DA:42,0
DA:46,5
DA:47,5
DA:48,5
DA:49,5
DA:51,0
DA:54,5
LH:12
LF:16
end_of_record
SF:src/bam/bam.jl
DA:4,6
LH:1
LF:1
end_of_record
SF:src/bam/overlap.jl
DA:5,116
DA:10,0
DA:11,0
DA:14,0
DA:15,0
DA:19,1
DA:22,0
DA:23,0
DA:27,58
DA:36,61
DA:49,140
DA:50,61
DA:51,0
DA:53,61
DA:54,122
DA:55,61
DA:56,51
DA:58,61
DA:59,61
DA:63,35975
DA:64,35914
DA:65,37228
DA:66,37192
DA:67,73070
DA:68,37192
DA:69,35861
DA:71,1331
DA:73,1331
DA:76,53
DA:77,53
DA:78,2
DA:81,61
DA:85,37192
DA:87,74384
DA:89,1314
DA:92,71756
DA:94,17
DA:98,35861
LH:31
LF:38
end_of_record
SF:src/bam/reader.jl
DA:14,92
DA:22,0
DA:23,0
DA:27,42
DA:31,92
DA:32,5
DA:33,41
DA:34,0
DA:36,46
DA:37,46
DA:38,46
DA:42,1
DA:43,1
DA:54,114
DA:55,57
DA:56,2
DA:57,0
DA:59,2
DA:60,3
DA:61,3
DA:64,57
DA:68,53
DA:72,50
DA:76,17095
DA:77,14
DA:79,17053
DA:85,46
DA:86,46
DA:87,46
DA:88,46
DA:90,92
DA:91,0
DA:95,46
DA:96,46
DA:99,46
DA:100,46
DA:101,46
DA:102,89
DA:103,641
DA:104,641
DA:105,641
DA:106,641
DA:107,641
DA:108,1239
DA:111,46
DA:115,46
DA:125,46
DA:129,570220
DA:133,570129
DA:134,570129
DA:135,826
DA:137,570129
DA:138,570129
DA:139,570129
LH:49
LF:54
end_of_record
SF:src/bam/record.jl
DA:28,568868
DA:35,0
DA:36,0
DA:40,1
DA:41,1
DA:42,1
DA:43,1
DA:44,1
DA:45,1
DA:46,1
DA:47,1
DA:48,1
DA:52,7
DA:68,568788
DA:69,568788
DA:70,568788
DA:71,568788
DA:72,568788
DA:74,568788
DA:75,1137576
DA:76,568788
DA:80,17060
DA:81,17060
DA:82,17060
DA:83,17060
DA:84,17060
DA:85,17060
DA:86,17060
DA:87,17060
DA:88,17060
DA:89,17060
DA:90,17060
DA:91,17060
DA:95,17060
DA:99,1
DA:100,1
DA:101,0
DA:102,0
DA:103,0
DA:104,0
DA:105,0
DA:106,0
DA:107,0
DA:108,0
DA:109,0
DA:110,0
DA:111,0
DA:113,0
DA:114,0
DA:115,0
DA:116,0
DA:119,1
DA:124,570220
DA:137,57
DA:138,56
DA:141,0
DA:142,0
DA:151,2
DA:162,1
DA:173,1
DA:186,37194
DA:187,37194
DA:190,0
DA:191,0
DA:195,1
DA:196,1
DA:197,0
DA:199,1
DA:200,0
DA:202,1
DA:213,1
DA:214,1
DA:215,1
DA:223,0
DA:224,0
DA:225,0
DA:226,0
DA:229,0
DA:230,0
DA:239,73127
DA:240,73127
DA:244,2
DA:253,37195
DA:254,37195
DA:257,0
DA:258,0
DA:266,0
DA:267,0
DA:276,1
DA:277,1
DA:281,1
DA:289,0
DA:290,0
DA:291,0
DA:292,0
DA:293,0
DA:294,0
DA:295,0
DA:297,0
DA:300,0
DA:301,0
DA:310,52
DA:311,52
DA:315,1
DA:324,51
DA:327,0
DA:328,0
DA:344,536018
DA:362,110
DA:363,87
DA:364,205529
DA:366,56
DA:384,159557
DA:385,63
DA:386,277612
DA:387,63
DA:391,63
DA:392,63
DA:393,101
DA:394,277587
DA:395,277587
DA:396,277587
DA:397,555136
DA:399,63
DA:403,536081
DA:404,536081
DA:405,536023
DA:407,58
DA:408,55
DA:410,3
DA:411,3
DA:412,0
DA:414,3
DA:415,3
DA:416,6
DA:417,3
DA:418,0
DA:421,3
DA:422,3
DA:423,0
DA:427,3
DA:428,3
DA:429,3
DA:438,1
DA:439,1
DA:440,0
DA:442,1
DA:443,1
DA:444,1
DA:445,2
DA:446,4
DA:447,2
DA:448,2
DA:449,2
DA:450,0
DA:451,1
DA:452,1
DA:454,0
DA:456,5
DA:458,1
DA:461,0
DA:462,0
DA:471,535945
DA:472,535945
DA:473,1071890
DA:474,733893
DA:475,733893
DA:476,832869
DA:477,931835
DA:480,535945
DA:489,53
DA:491,53
DA:495,2
DA:504,51
DA:505,51
DA:508,0
DA:509,0
DA:518,53
DA:519,53
DA:520,53
DA:521,1
DA:523,52
DA:524,52
DA:525,104
DA:527,364
DA:528,676
DA:530,52
DA:534,2
DA:543,78
DA:544,78
DA:547,0
DA:548,0
DA:557,2
DA:558,2
DA:559,2
DA:560,2
DA:564,1
DA:573,2
DA:574,2
DA:577,0
DA:578,0
DA:582,14
DA:583,14
DA:584,14
DA:585,14
DA:588,0
DA:589,0
DA:590,0
DA:591,0
DA:592,0
DA:596,2
DA:600,1
DA:608,1409038
DA:612,1
DA:616,1
DA:620,1
DA:624,1
DA:628,1
DA:632,1
DA:636,2
DA:639,0
DA:640,0
DA:649,1261097
DA:650,1261097
DA:653,0
DA:658,147930
DA:659,1
DA:664,19
DA:665,19
DA:670,1072152
LH:163
LF:230
end_of_record
SF:src/bam/writer.jl
DA:14,14
DA:18,14
DA:19,14
DA:20,15
DA:21,209
DA:22,222
DA:24,14
DA:25,14
DA:29,14
DA:33,17053
DA:34,17053
DA:35,17053
DA:36,17053
DA:40,14
DA:41,14
DA:44,14
DA:47,14
DA:48,222
DA:49,14
DA:50,14
DA:53,14
DA:54,27
DA:55,209
DA:56,209
DA:57,209
DA:58,405
DA:61,14
LH:27
LF:27
end_of_record
SF:src/sam/flags.jl
DA:6,1
DA:19,0
DA:20,12
DA:21,12
DA:22,12
LH:4
LF:5
end_of_record
SF:src/sam/header.jl
DA:5,106
DA:14,104
DA:18,28
DA:22,2
DA:25,0
DA:26,0
DA:30,2
DA:34,457
DA:35,42
DA:37,349
DA:46,31
DA:49,0
DA:50,0
DA:51,0
DA:55,984
DA:56,984
LH:11
LF:16
end_of_record
SF:src/sam/metainfo.jl
DA:6,1076
DA:16,349
DA:25,2146
DA:26,1076
DA:27,6
DA:29,1076
DA:51,2
DA:81,4
DA:82,4
DA:83,1
DA:84,0
DA:86,1
DA:87,3
DA:88,3
DA:89,3
DA:90,9
DA:93,0
DA:95,4
DA:98,0
DA:99,0
DA:100,0
DA:101,0
DA:102,0
DA:103,0
DA:104,0
DA:108,1247
DA:111,0
DA:112,0
DA:116,789
DA:117,0
DA:122,904
DA:123,0
DA:125,452
DA:126,452
DA:130,3
DA:131,3
DA:132,2
DA:133,2
DA:134,2
DA:135,2
DA:136,2
DA:137,2
DA:140,1
DA:143,1
DA:147,0
DA:148,0
DA:149,0
DA:152,0
DA:153,0
DA:154,0
DA:155,0
DA:168,11
DA:177,4
DA:178,4
DA:187,3
DA:188,3
DA:197,1
DA:198,1
DA:199,0
DA:201,1
DA:205,4
DA:206,4
DA:207,1
DA:209,3
DA:213,4
DA:214,4
DA:215,1
DA:217,3
DA:221,3
DA:225,421
DA:226,421
DA:227,1
DA:229,420
DA:233,424
DA:234,424
DA:235,0
DA:237,424
DA:238,848
DA:239,637
DA:240,635
DA:243,2
LH:59
LF:81
end_of_record
SF:src/sam/reader.jl
DA:5,178
DA:11,89
DA:13,89
DA:15,89
DA:16,89
DA:17,89
DA:19,89
DA:32,89
DA:33,0
DA:36,89
DA:38,89
DA:42,0
DA:43,0
DA:47,9
DA:56,30
DA:60,31
DA:61,31
DA:63,31
DA:67,6
DA:68,6
DA:69,6
DA:70,0
DA:72,6
DA:76,1
DA:77,1
DA:78,1
DA:79,0
DA:81,1
DA:85,14130
DA:86,41
DA:88,14075
DA:99,14124
DA:101,14124
DA:102,14124
DA:103,14124
DA:105,14124
DA:106,41
DA:107,0
DA:109,14083
LH:33
LF:39
end_of_record
SF:src/sam/readrecord.jl
DA:13,1
DA:15,0
DA:16,0
DA:17,0
DA:18,0
DA:19,0
DA:21,0
DA:22,1
DA:23,1
DA:24,1
DA:26,0
DA:27,0
DA:28,1
DA:29,1
DA:30,0
DA:31,1
DA:32,1
DA:33,1
DA:35,1
DA:37,1
DA:38,1
DA:40,1
DA:41,1
DA:42,1
DA:44,0
DA:45,1
DA:46,1
DA:48,1
DA:50,1
DA:51,1
DA:53,0
DA:54,0
DA:55,1
DA:56,1
DA:58,0
DA:59,1
DA:60,1
DA:62,0
DA:63,1
DA:64,1
DA:66,0
DA:67,1
DA:68,1
DA:70,0
DA:71,1
DA:72,1
DA:74,0
DA:75,1
DA:76,1
DA:78,0
DA:79,1
DA:80,1
DA:82,0
DA:83,1
DA:84,1
DA:86,0
DA:87,1
DA:88,1
DA:90,0
DA:91,1
DA:92,1
DA:94,0
DA:95,1
DA:96,1
DA:98,0
DA:99,0
DA:100,1
DA:108,1
DA:110,1
DA:111,1
DA:113,1
DA:127,1
DA:128,1
DA:130,0
DA:131,0
DA:132,1
DA:134,1
DA:137,1
DA:138,1
DA:139,1
DA:141,1
DA:142,1
DA:144,1
DA:146,1
DA:165,15070
DA:166,1090
DA:168,15070
DA:169,15070
DA:173,986
DA:174,986
DA:176,986
DA:195,0
DA:196,980
DA:197,980
DA:201,89
DA:203,135
DA:204,41
DA:207,41
DA:228,14084
DA:229,14084
DA:231,14084
DA:232,14083
DA:241,41
DA:242,0
DA:259,95
DA:260,95
DA:261,95
DA:265,14125
DA:266,14125
DA:270,0
DA:271,89
DA:272,89
DA:273,89
DA:277,0
DA:278,14124
DA:279,14124
DA:284,12
DA:285,0
DA:288,12
DA:289,6
DA:294,6
DA:311,131
DA:312,0
DA:315,131
DA:316,89
DA:321,89
DA:338,1832292
DA:339,0
DA:346,1832292
DA:347,14084
DA:354,0
DA:356,1818207
DA:357,41
DA:362,1
DA:379,14124
LH:101
LF:135
end_of_record
SF:src/sam/record.jl
DA:6,14093
DA:29,17
DA:47,1
DA:51,1
DA:59,1
DA:60,1
DA:70,1
DA:74,1
DA:78,7
DA:95,2
DA:96,2
DA:97,1
DA:98,2
DA:99,1
DA:100,2
DA:101,1
DA:102,1
DA:103,2
DA:104,1
DA:105,1
DA:106,1
DA:107,2
DA:108,1
DA:109,1
DA:110,2
DA:111,0
DA:114,1
DA:118,0
DA:119,0
DA:120,0
DA:123,0
DA:124,0
DA:125,0
DA:129,14075
DA:156,59
DA:157,63
DA:161,2
DA:170,5
DA:181,1
DA:190,3
DA:191,6
DA:192,0
DA:194,3
DA:198,3
DA:207,60
DA:208,64
DA:212,60
DA:216,3
DA:225,4
DA:228,0
DA:229,0
DA:237,0
DA:238,0
DA:247,2
DA:248,2
DA:249,0
DA:251,2
DA:255,2
DA:264,53
DA:265,55
DA:269,53
DA:273,2
DA:282,53
DA:283,57
DA:284,53
DA:285,0
DA:287,53
DA:291,3
DA:300,55
DA:301,85
DA:303,25
DA:305,30
DA:309,3
DA:318,2
DA:319,1
DA:322,0
DA:326,0
DA:327,0
DA:336,4
DA:337,0
DA:339,4
DA:340,4
DA:341,8
DA:342,54
DA:343,54
DA:344,34
DA:345,34
DA:347,20
DA:348,30
DA:349,14
DA:351,124
DA:353,4
DA:362,55
DA:363,104
DA:364,0
DA:366,55
DA:370,3
DA:379,53
DA:380,55
DA:384,53
DA:388,2
DA:397,54
DA:398,107
DA:400,1
DA:402,53
DA:403,53
DA:404,53
DA:405,53
DA:409,3
DA:417,2
DA:418,2
DA:427,1
DA:428,2
DA:429,0
DA:431,1
DA:434,0
DA:435,0
DA:444,2
DA:445,3
DA:446,1
DA:448,1
DA:449,2
DA:450,199
DA:452,1
DA:456,2
DA:465,1
DA:466,1
DA:474,0
DA:475,0
DA:476,0
DA:479,0
DA:480,0
DA:484,7
DA:485,7
DA:486,0
DA:488,7
DA:490,7
DA:491,7
DA:492,7
DA:493,1
DA:495,6
DA:498,7
DA:499,0
DA:500,0
DA:502,7
DA:503,6
DA:505,1
DA:507,0
DA:509,1
DA:510,1
DA:512,0
DA:513,0
DA:515,0
DA:516,0
DA:519,0
DA:523,0
DA:524,0
DA:525,0
DA:528,0
DA:529,0
DA:537,7492
DA:541,1
DA:544,0
DA:545,0
DA:549,1
DA:552,0
DA:553,0
DA:557,2
DA:560,0
DA:561,0
DA:565,1
DA:568,0
DA:569,0
DA:577,14082
DA:578,14082
DA:579,14082
DA:580,14082
DA:581,14082
DA:582,14082
DA:583,14082
DA:584,14082
DA:585,14082
DA:586,14082
DA:587,14082
DA:588,14082
DA:589,14082
DA:590,14082
DA:593,0
DA:594,0
DA:598,7462
DA:599,1
DA:604,7
DA:605,7
DA:606,0
DA:608,7
DA:609,14
DA:610,28
DA:611,28
DA:612,28
DA:615,0
DA:619,0
DA:620,0
DA:621,0
DA:622,0
DA:623,0
DA:624,0
DA:625,0
DA:627,0
DA:632,0
DA:633,0
DA:634,0
DA:635,0
DA:637,0
DA:638,0
DA:640,0
DA:641,0
DA:643,0
DA:644,0
DA:646,0
DA:647,0
DA:649,0
DA:650,0
DA:652,0
DA:653,0
DA:656,0
DA:661,329
LH:148
LF:226
end_of_record
SF:src/sam/sam.jl
DA:4,7
DA:21,113
DA:22,226
DA:23,153
DA:24,193
DA:26,113
DA:31,172
DA:32,172
DA:33,2
DA:34,2
DA:35,170
DA:36,0
DA:37,0
DA:39,170
DA:41,172
DA:42,344
DA:43,182
DA:44,192
DA:46,172
LH:17
LF:19
end_of_record
SF:src/sam/writer.jl
DA:17,42
DA:18,145
DA:19,28
DA:24,14
DA:28,42
DA:29,66
DA:30,674
DA:32,42
DA:36,349
DA:37,349
DA:41,7002
DA:42,7002
LH:12
LF:12
end_of_record
<<<<<< EOF