CITATION.bib
Project.toml
benchmark/benchmarks.jl
docs/Project.toml
docs/make.jl
src/BioStructures.jl
src/mmcif.jl
src/mmtf.jl
src/model.jl
src/pdb.jl
src/spatial.jl
test/mmcif_biopython.jl
test/runtests.jl
<<<<<< network
# path=lcov.info
SF:src\BioStructures.jl
LH:0
LF:0
end_of_record
SF:src\mmcif.jl
DA:61,165
DA:64,107
DA:66,12754317
DA:71,13690
DA:72,4
DA:75,46
DA:76,10
DA:77,16
DA:78,24
DA:79,0
DA:80,3
DA:81,1
DA:84,4
DA:90,331800
DA:95,331800
DA:96,52813326
DA:97,15458644
DA:99,15453839
DA:101,34763064
DA:102,4873
DA:103,2406
DA:104,2
DA:108,2405
DA:109,9619
DA:112,7274
DA:114,17376672
DA:115,12
DA:116,17376647
DA:118,52813300
DA:121,331787
DA:122,6068
DA:124,331787
DA:125,6
DA:127,331784
DA:132,36
DA:133,72
DA:134,207220
DA:135,1362
DA:136,205858
DA:137,274
DA:138,274
DA:140,435
DA:141,137
DA:143,298
DA:145,137
DA:147,412941
DA:150,36
DA:157,56
DA:160,112
DA:161,284174
DA:162,9969
DA:163,127106
DA:165,1029
DA:166,126077
DA:168,2
DA:169,2
DA:171,1
DA:172,1
DA:174,0
DA:176,1
DA:177,504244
DA:179,11
DA:182,263129
DA:185,105
DA:186,56
DA:190,42
DA:191,36
DA:197,40
DA:198,26
DA:199,7
DA:200,7
DA:201,7
DA:203,19
DA:206,52
DA:207,1
DA:210,50
DA:211,25
DA:216,96
DA:221,96
DA:222,12527591
DA:227,745
DA:228,6263423
DA:233,6268182
DA:234,8075
DA:240,8075
DA:243,6243941
DA:244,6243941
DA:247,1
DA:248,2
DA:250,0
DA:254,6243940
DA:257,23364
DA:258,5841
DA:261,5841
DA:262,12528334
DA:265,95
DA:275,66
DA:276,55
DA:277,19
DA:278,19
DA:279,19
DA:281,36
DA:283,55
DA:284,108
DA:297,64
DA:298,58
DA:299,51
DA:300,259567
DA:302,120025
DA:304,120024
DA:307,247679
DA:314,49
DA:316,56
DA:320,2641674
DA:346,8169059
DA:347,44
DA:348,4083077
DA:350,1098
DA:351,2
DA:353,2194
DA:358,8163958
DA:363,8168145
DA:367,89778604
DA:387,21
DA:388,18
DA:393,135
DA:394,27
DA:398,63
DA:400,63
DA:401,13371
DA:402,53
DA:405,6659
DA:406,6655
DA:407,6012
DA:409,1286
DA:412,6716
DA:419,118
DA:420,1286
DA:422,49
DA:423,2058
DA:424,1029
DA:426,0
DA:428,2058
DA:430,741
DA:435,59
DA:436,106
DA:438,12
DA:441,59
DA:443,643
DA:446,643
DA:447,13310
DA:448,6657
DA:452,641
DA:455,287
DA:456,19705
DA:460,708
DA:461,354
DA:464,354
DA:465,7672
DA:466,3836
DA:467,7672
DA:468,4080302
DA:470,4082250
DA:473,8160604
DA:474,4088938
DA:480,354
DA:481,199691
DA:482,16321208
DA:484,599073
DA:487,1923
DA:489,57
DA:490,48
DA:498,96
DA:499,80
DA:509,44
DA:510,40
DA:512,42
DA:514,76
DA:516,38
DA:519,8
DA:522,84
DA:523,613674
DA:530,84
DA:535,102266
DA:536,102266
DA:537,204688
DA:538,102266
DA:539,102952
DA:540,102266
DA:544,204454
DA:545,102266
DA:546,102266
DA:547,102266
DA:548,102266
DA:549,102266
DA:550,306954
DA:552,102266
DA:554,102266
DA:555,102266
DA:569,6
DA:570,12
DA:575,24
DA:576,3
DA:577,3
DA:578,3
DA:580,6
DA:582,1893664
DA:583,9
DA:585,9
DA:590,18
DA:591,18
DA:592,4
DA:594,16
DA:595,16
DA:596,32
DA:598,7
DA:609,5
DA:610,6
DA:615,10
DA:616,2
DA:618,10
DA:620,9
DA:623,18
DA:624,22
DA:626,5
DA:627,4
LH:222
LF:226
end_of_record
SF:src\mmtf.jl
DA:22,84
DA:28,81
DA:69,59
DA:70,4
DA:72,2688344
DA:77,255
DA:78,93
DA:81,16
DA:82,2
DA:83,4
DA:84,6
DA:85,0
DA:86,4
DA:87,40
DA:90,2
DA:100,157
DA:101,78
DA:113,42
DA:115,40
DA:116,40
DA:117,188
DA:118,136
DA:120,205
DA:128,40
DA:131,190
DA:133,284
DA:136,21412
DA:137,42824
DA:139,182974
DA:140,2060623
DA:169,80
DA:170,0
DA:173,40
DA:174,190
DA:175,190
DA:178,40
DA:179,40
DA:191,386
DA:194,768
DA:197,194
DA:199,190
DA:219,6
DA:220,27
DA:228,63
DA:229,24
DA:232,25
DA:233,25
DA:234,2
DA:236,23
DA:237,23
DA:238,46
DA:244,23
DA:245,123501
DA:246,134
DA:248,134
DA:251,246963
DA:257,162
DA:260,246924
DA:261,493848
DA:265,48783
DA:267,186
DA:268,186
DA:270,186
DA:271,163
DA:272,163
DA:278,930
DA:285,33843
DA:286,9355
DA:288,11281
DA:294,11281
DA:295,370317
DA:298,112181
DA:303,134493
DA:304,223862
DA:306,10961
DA:310,22562
DA:311,33489
DA:324,22562
DA:325,22882
DA:326,33843
DA:327,11281
DA:328,33843
DA:330,22562
DA:331,22562
DA:335,494181
DA:336,246924
DA:337,246924
DA:338,246924
DA:339,246924
DA:340,246924
DA:341,370386
DA:344,46
DA:345,23
DA:346,23
DA:348,23
DA:349,23
DA:350,23
DA:351,23
DA:352,23
DA:356,23
LH:98
LF:100
end_of_record
SF:src\model.jl
DA:106,629278
DA:119,1041
DA:131,73429
DA:145,93
DA:151,789
DA:159,746
DA:169,254
DA:178,800192
DA:195,253
DA:197,99
DA:199,745
DA:201,70
DA:203,80
DA:205,1482
DA:206,138
DA:208,112
DA:215,146850
DA:238,54529
DA:241,0
DA:247,316306
DA:250,629143
DA:251,10
DA:259,82
DA:262,1
DA:263,1
DA:268,1950024
DA:271,73396
DA:272,6
DA:277,1226
DA:280,3
DA:281,1
DA:286,631192
DA:287,101
DA:290,729
DA:295,3
DA:300,631202
DA:303,674
DA:304,2
DA:309,15
DA:310,1448
DA:313,1
DA:318,3
DA:324,632320
DA:325,311730
DA:327,8860
DA:328,8
DA:329,8
DA:330,0
DA:331,0
DA:333,8852
DA:334,2796
DA:335,2796
DA:336,0
DA:337,0
DA:338,0
DA:339,0
DA:341,6056
DA:342,6056
DA:343,6052
DA:344,4
DA:345,0
DA:346,4
DA:347,0
DA:348,4
DA:349,0
DA:353,2
DA:363,100
DA:364,8282
DA:373,85539
DA:374,34386
DA:376,51151
DA:380,498
DA:387,30
DA:388,2
DA:395,18
DA:396,11173
DA:405,6
DA:406,2
DA:413,14
DA:414,11167
DA:423,2
DA:424,2
DA:431,40
DA:432,11167
DA:441,2
DA:442,2
DA:449,26
DA:450,12
DA:460,7225
DA:461,1
DA:466,3612
DA:470,2
DA:480,2
DA:481,168
DA:490,18
DA:491,166
DA:502,51361
DA:503,225
DA:505,51134
DA:509,424
DA:519,51269
DA:520,133
DA:522,51134
DA:526,268
DA:533,2
DA:534,961
DA:535,4
DA:545,853869
DA:546,2
DA:547,2446
DA:555,30
DA:556,26
DA:567,30
DA:571,6
DA:572,2
DA:574,1
DA:585,46169
DA:594,7164
DA:595,14280
DA:598,2
DA:606,7
DA:607,2
DA:618,190649
DA:619,111474
DA:621,79123
DA:625,607786
DA:626,370
DA:627,29
DA:635,487782
DA:636,119
DA:637,24
DA:638,1217
DA:646,487782
DA:647,119
DA:648,2
DA:649,103
DA:663,299630
DA:664,22227
DA:665,1536
DA:666,3062
DA:668,10
DA:671,20691
DA:672,20688
DA:674,3
DA:678,54322
DA:679,1745
DA:680,3478
DA:682,12
DA:685,52577
DA:686,105150
DA:688,2
DA:694,16
DA:698,629160
DA:699,28062
DA:700,28062
DA:702,0
DA:705,601098
DA:706,1202196
DA:708,0
DA:720,2284308
DA:721,16
DA:723,1142124
DA:727,18
DA:734,6
DA:735,6
DA:743,8
DA:744,22
DA:751,1266
DA:760,42
DA:769,6900
DA:781,2253
DA:782,2373
DA:788,2
DA:792,6
DA:793,2
DA:795,1
DA:804,5830242
DA:805,295
DA:806,5830244
DA:807,2976
DA:808,2
DA:816,9786432
DA:817,30
DA:824,4
DA:831,6
DA:839,4947012
DA:840,768
DA:841,3974
DA:842,8
DA:843,4950988
DA:844,2
DA:852,44
DA:853,340251
DA:862,9812
DA:865,61
DA:866,30
DA:868,1
DA:879,8
DA:882,6
DA:883,4
DA:885,1
DA:895,38
DA:896,6
DA:897,26
DA:898,6
DA:899,16
DA:900,82
DA:901,2
DA:909,201
DA:910,16
DA:918,6202
DA:926,6
DA:935,1470
DA:941,6064
DA:946,2945130
DA:947,4617
DA:948,2935896
DA:949,2769005
DA:950,58458
DA:951,1408267
DA:952,1392978
DA:953,529951
DA:954,863027
DA:955,395166
DA:956,4
DA:961,879535
DA:969,10315194
DA:971,4420716
DA:975,56
DA:976,5
DA:977,51
DA:978,1
DA:979,50
DA:980,9
DA:982,41
DA:983,160
DA:986,121
DA:989,0
DA:994,2222490
DA:1008,6236
DA:1010,1556
DA:1011,1550
DA:1012,7
DA:1014,1
DA:1017,8
DA:1023,1797
DA:1024,1
DA:1026,3020
DA:1030,3345
DA:1031,1
DA:1033,5582
DA:1037,2
DA:1038,1
DA:1040,368204
DA:1044,1026058
DA:1045,1
DA:1047,1945057
DA:1055,7
DA:1056,1
DA:1058,6
DA:1059,4
DA:1061,1
DA:1068,2
DA:1069,1
DA:1071,5
DA:1075,10
DA:1076,1
DA:1078,5323
DA:1088,87
DA:1089,72
DA:1090,52408
DA:1091,11752770
DA:1093,1
DA:1094,9
DA:1096,2
DA:1097,3
DA:1106,6
DA:1107,823
DA:1108,10
DA:1118,1656
DA:1119,1682
DA:1121,833
DA:1132,2
DA:1134,4
DA:1136,16
DA:1138,6
DA:1141,13
DA:1142,13
DA:1143,31797
DA:1144,15933
DA:1147,13
DA:1154,2
DA:1166,44
DA:1169,30
DA:1180,40
DA:1181,28
DA:1183,6
DA:1187,2
DA:1189,4
DA:1191,10
DA:1194,6
DA:1195,6
DA:1196,12
DA:1198,6
DA:1201,2
DA:1204,10
DA:1205,10
DA:1206,3965
DA:1207,1992
DA:1210,10
DA:1216,4
DA:1228,80
DA:1231,16
DA:1244,87
DA:1245,98
DA:1247,6
DA:1253,122
DA:1254,92
DA:1255,234
DA:1257,92
DA:1265,332
DA:1267,12
DA:1268,2470
DA:1269,4876
DA:1271,2534
DA:1274,12
DA:1276,140
DA:1280,2
DA:1283,130
DA:1284,390
DA:1286,0
DA:1290,13
DA:1293,12
DA:1294,6
DA:1295,7840
DA:1296,2886
DA:1299,6
DA:1306,80
DA:1323,197
DA:1338,262
DA:1339,290
DA:1341,17
DA:1348,1415
DA:1349,1379
DA:1350,327861
DA:1352,1379
DA:1359,1052875
DA:1361,71385
DA:1362,342660
DA:1363,684150
DA:1365,343832
DA:1368,35719
DA:1370,490672
DA:1375,236
DA:1376,99
DA:1379,170
DA:1383,2
DA:1386,1182
DA:1387,2356
DA:1389,1
DA:1397,3061
DA:1414,4616
DA:1425,1258320
DA:1426,727
DA:1429,629160
DA:1431,629160
DA:1432,73296
DA:1438,73296
DA:1439,555864
DA:1442,1665816
DA:1443,555184
DA:1447,792
DA:1456,176
DA:1461,592
DA:1462,1184
DA:1466,0
DA:1472,0
DA:1475,629160
DA:1486,1887480
DA:1487,1256176
DA:1489,6432
DA:1492,1178
DA:1494,0
DA:1496,1070
DA:1497,11374
DA:1503,4
DA:1506,0
DA:1508,0
DA:1509,0
DA:1514,6
DA:1519,0
DA:1523,310
DA:1524,659
DA:1526,723
DA:1527,73241
DA:1528,73152
DA:1530,178
DA:1531,74979
DA:1540,146660
DA:1543,0
DA:1544,1035
DA:1557,4229
DA:1560,2
DA:1562,1072
DA:1575,187607
DA:1576,16608
DA:1587,42048
DA:1588,2536
DA:1601,102470
DA:1614,75129
DA:1627,15987
DA:1642,19999
DA:1651,8
DA:1662,3263
DA:1676,4863
DA:1687,6
DA:1698,57292
DA:1699,4
DA:1712,2275
DA:1713,3492
DA:1727,2
DA:1728,2
DA:1748,18728
DA:1752,9388
DA:1753,9386
DA:1754,35637
DA:1755,46412
DA:1757,276
DA:1760,17841
DA:1761,11891
DA:1764,9386
DA:1785,8
DA:1786,5
DA:1787,10
DA:1806,12
DA:1823,8
DA:1825,119587
DA:1830,4
DA:1836,12
DA:1844,8
DA:1846,13671
DA:1850,4
DA:1855,11
DA:1864,8
DA:1871,3
DA:1878,5
DA:1884,4
DA:1889,9
DA:1896,3
DA:1901,12
LH:428
LF:450
end_of_record
SF:src\pdb.jl
DA:33,2
DA:41,17
DA:47,2
DA:63,1
DA:65,1
DA:66,1
DA:67,1
DA:68,2
DA:70,1
DA:71,2
DA:72,174996
DA:74,174994
DA:76,349988
DA:77,0
DA:79,174994
DA:81,174996
DA:85,2
DA:87,1
DA:100,5
DA:103,5
DA:104,5
DA:105,5
DA:107,4
DA:108,8
DA:109,12
DA:111,742
DA:113,1484
DA:114,0
DA:116,1484
DA:121,10
DA:123,4
DA:135,2
DA:136,1
DA:137,1
DA:138,1
DA:150,1
DA:152,1
DA:153,1
DA:154,1
DA:155,2
DA:156,3
DA:158,8308
DA:160,4153
DA:162,8306
DA:163,0
DA:165,8307
DA:170,2
DA:172,1
DA:208,27
DA:210,42
DA:211,2
DA:214,20
DA:216,2
DA:219,40
DA:221,2
DA:224,40
DA:225,30
DA:227,10
DA:230,40
DA:231,0
DA:234,20
DA:235,20
DA:238,20
DA:240,1
DA:242,28
DA:246,4
DA:248,4
DA:250,1
DA:254,34
DA:255,34
DA:256,17
DA:257,17
DA:262,34
DA:264,0
DA:266,14
DA:271,40
DA:275,17
DA:279,3
DA:281,2
DA:282,4
DA:283,4
DA:284,4
DA:287,8
DA:290,4
DA:293,2
DA:297,12
DA:298,3
DA:299,3
DA:301,6
DA:326,0
DA:327,0
DA:328,0
DA:329,0
DA:344,0
DA:346,0
DA:348,0
DA:349,0
DA:350,0
DA:351,0
DA:353,0
DA:354,0
DA:355,0
DA:357,0
DA:359,0
DA:360,0
DA:363,0
DA:387,0
DA:388,0
DA:423,6
DA:424,3
DA:426,1
DA:428,3
DA:429,3
DA:430,2
DA:432,1
DA:434,8
DA:444,72
DA:449,138
DA:452,767743
DA:454,676219
DA:458,32934
DA:459,301
DA:460,602
DA:462,1
DA:466,300
DA:467,300
DA:470,32633
DA:471,371041
DA:475,65
DA:476,347
DA:477,347
DA:481,65
DA:482,65
DA:489,483
DA:490,606
DA:495,1352474
DA:516,676242
DA:517,676237
DA:519,1
DA:524,676242
DA:525,338119
DA:527,1
DA:532,676242
DA:533,338118
DA:535,1
DA:540,676242
DA:541,338119
DA:543,1
DA:548,676242
DA:549,338117
DA:551,2
DA:556,676240
DA:557,676235
DA:559,1
DA:564,676240
DA:565,338117
DA:567,1
DA:572,676240
DA:573,676234
DA:575,2
DA:580,676238
DA:581,676231
DA:583,3
DA:588,676234
DA:589,676229
DA:591,1
DA:596,676230
DA:597,676229
DA:599,1
DA:604,676230
DA:605,676229
DA:607,1
DA:612,676230
DA:613,338115
DA:615,1
DA:620,676230
DA:621,338115
DA:623,1
DA:630,102320
DA:631,1022790
DA:632,3
DA:634,1022784
DA:651,51148
DA:652,51148
DA:653,51148
DA:654,51134
DA:657,14
DA:658,6
DA:661,40
DA:662,2
DA:665,36
DA:667,22
DA:668,4
DA:670,16
DA:671,7
DA:673,2
DA:675,18
DA:697,869258
DA:721,41
DA:724,20
DA:749,153399
DA:750,4
DA:773,76
DA:774,40
DA:784,20
DA:785,3
DA:786,42
DA:788,42
DA:789,0
DA:791,42
DA:792,42
DA:793,84
DA:796,6
DA:797,10
DA:808,178
DA:810,51131
DA:811,102298
LH:192
LF:217
end_of_record
SF:src\spatial.jl
DA:51,12
DA:61,2
DA:64,0
DA:82,1245080
DA:83,2
DA:84,415029
DA:85,3637968
DA:86,3637968
DA:87,5456951
DA:89,415027
DA:93,2
DA:102,12
DA:103,7
DA:104,6
DA:105,8
DA:106,7220
DA:108,6
DA:118,66
DA:133,9
DA:134,3
DA:144,33
DA:145,8
DA:147,24
DA:149,6
DA:155,4
DA:159,64
DA:160,120
DA:163,120
DA:166,180
DA:168,60
DA:174,8
DA:175,366
DA:176,366
DA:177,366
DA:179,366
DA:182,8
DA:183,0
DA:186,24
DA:193,31
DA:194,0
DA:204,11
DA:224,20
DA:225,2
DA:229,8
DA:238,18
DA:239,2
DA:240,2
DA:241,2
DA:242,8
DA:245,18
DA:267,12
DA:268,1
DA:272,5
DA:281,10
DA:282,2
DA:283,2
DA:284,2
DA:285,8
DA:288,6
DA:305,414976
DA:306,207488
DA:307,207488
DA:308,207488
DA:309,558086
DA:311,21755160
DA:312,44068406
DA:316,207488
DA:320,45804
DA:336,311237
DA:340,224
DA:355,2
DA:362,8
DA:379,2156
DA:388,3237
DA:406,436
DA:407,218
DA:408,436
DA:409,1
DA:410,434
DA:411,0
DA:412,434
DA:413,0
DA:414,434
DA:415,0
DA:417,217
DA:421,3656
DA:422,4
DA:423,1
DA:426,8
DA:427,1
DA:429,2
DA:445,1340
DA:446,670
DA:447,1340
DA:448,240
DA:449,860
DA:450,0
DA:451,860
DA:452,0
DA:453,860
DA:454,0
DA:456,430
DA:460,3656
DA:461,4
DA:462,1
DA:465,8
DA:466,1
DA:468,2
DA:484,1340
DA:485,670
DA:486,1340
DA:487,239
DA:488,862
DA:489,0
DA:490,862
DA:491,0
DA:492,862
DA:493,1
DA:495,430
DA:499,3656
DA:500,4
DA:501,1
DA:504,9
DA:505,1
DA:507,2
DA:523,2
DA:524,1
DA:525,0
DA:528,1
DA:530,1
DA:533,213
DA:534,213
DA:535,213
DA:536,213
DA:538,0
DA:539,213
DA:542,426
DA:546,1
DA:562,6
DA:563,3
DA:564,1
DA:567,2
DA:569,2
DA:572,668
DA:573,665
DA:574,665
DA:575,426
DA:577,239
DA:578,904
DA:581,1339
DA:585,2
DA:601,4
DA:603,2
DA:604,0
DA:609,2
DA:612,668
DA:613,665
DA:614,665
DA:615,426
DA:617,239
DA:618,904
DA:621,1339
DA:625,2
DA:627,2
DA:643,4
DA:678,5
DA:710,5
DA:713,207951
DA:716,4
DA:717,2
DA:720,4
DA:721,4
DA:724,2
DA:728,2
DA:734,1
DA:736,1
DA:737,4
DA:738,40
DA:739,24
DA:743,1
DA:747,4
DA:749,1
DA:750,4
DA:752,478
DA:753,207662
DA:755,104309
DA:759,4
DA:764,1
DA:765,1
DA:766,4
DA:767,44
DA:770,1
DA:774,4
DA:775,1
DA:776,4
DA:777,478
DA:778,103830
DA:780,104309
DA:783,4
DA:788,1
DA:789,1
DA:790,1
DA:791,1
DA:792,1
DA:795,1
DA:800,1
DA:801,1
DA:802,1
DA:803,1
DA:804,1
DA:807,1
DA:821,1
DA:823,1
DA:824,228
DA:827,207936
DA:828,103968
DA:829,1047
DA:830,102921
DA:831,1572
DA:832,101349
DA:833,1535
DA:837,207936
DA:839,228
DA:843,0
DA:853,2
DA:856,2
DA:857,2
DA:858,216
DA:859,216
DA:860,45584
DA:861,23008
DA:865,2
DA:866,2
LH:218
LF:233
end_of_record
<<<<<< EOF