CITATION.bib Project.toml benchmark/benchmarks.jl docs/Project.toml docs/make.jl src/BioStructures.jl src/mmcif.jl src/mmtf.jl src/model.jl src/pdb.jl src/spatial.jl test/mmcif_biopython.jl test/runtests.jl <<<<<< network # path=lcov.info SF:src/BioStructures.jl LH:0 LF:0 end_of_record SF:src/mmcif.jl DA:61,165 DA:64,107 DA:66,12754317 DA:71,13690 DA:72,4 DA:75,46 DA:76,10 DA:77,16 DA:78,24 DA:79,0 DA:80,3 DA:81,1 DA:84,4 DA:90,331800 DA:95,331800 DA:96,52813326 DA:97,15458644 DA:99,15453839 DA:101,34763064 DA:102,4873 DA:103,2406 DA:104,2 DA:108,2405 DA:109,9619 DA:112,7274 DA:114,17376672 DA:115,12 DA:116,17376647 DA:118,52813300 DA:121,331787 DA:122,6068 DA:124,331787 DA:125,6 DA:127,331784 DA:132,36 DA:133,72 DA:134,207220 DA:135,1362 DA:136,205858 DA:137,274 DA:138,274 DA:140,435 DA:141,137 DA:143,298 DA:145,137 DA:147,412941 DA:150,36 DA:157,56 DA:160,112 DA:161,284174 DA:162,9969 DA:163,127106 DA:165,1029 DA:166,126077 DA:168,2 DA:169,2 DA:171,1 DA:172,1 DA:174,0 DA:176,1 DA:177,504244 DA:179,11 DA:182,263129 DA:185,105 DA:186,56 DA:190,42 DA:191,36 DA:197,40 DA:198,26 DA:199,7 DA:200,7 DA:201,7 DA:203,19 DA:206,52 DA:207,1 DA:210,50 DA:211,25 DA:216,96 DA:221,96 DA:222,12527591 DA:227,745 DA:228,6263423 DA:233,6268182 DA:234,8075 DA:240,8075 DA:243,6243941 DA:244,6243941 DA:247,1 DA:248,2 DA:250,0 DA:254,6243940 DA:257,23364 DA:258,5841 DA:261,5841 DA:262,12528334 DA:265,95 DA:275,66 DA:276,55 DA:277,19 DA:278,19 DA:279,19 DA:281,36 DA:283,55 DA:284,108 DA:297,64 DA:298,58 DA:299,51 DA:300,259567 DA:302,120025 DA:304,120024 DA:307,247679 DA:314,49 DA:316,56 DA:320,2641674 DA:346,8169059 DA:347,44 DA:348,4083077 DA:350,1098 DA:351,2 DA:353,2194 DA:358,8163958 DA:363,8168145 DA:367,89778604 DA:387,21 DA:388,18 DA:393,135 DA:394,27 DA:398,63 DA:400,63 DA:401,13371 DA:402,53 DA:405,6659 DA:406,6655 DA:407,6012 DA:409,1286 DA:412,6716 DA:419,118 DA:420,1286 DA:422,49 DA:423,2058 DA:424,1029 DA:426,0 DA:428,2058 DA:430,741 DA:435,59 DA:436,106 DA:438,12 DA:441,59 DA:443,643 DA:446,643 DA:447,13310 DA:448,6657 DA:452,641 DA:455,287 DA:456,19705 DA:460,708 DA:461,354 DA:464,354 DA:465,7672 DA:466,3836 DA:467,7672 DA:468,4080302 DA:470,4082250 DA:473,8160604 DA:474,4088938 DA:480,354 DA:481,199691 DA:482,16321208 DA:484,599073 DA:487,1923 DA:489,57 DA:490,48 DA:498,96 DA:499,80 DA:509,44 DA:510,40 DA:512,42 DA:514,76 DA:516,38 DA:519,8 DA:522,84 DA:523,613674 DA:530,84 DA:535,102266 DA:536,102266 DA:537,204688 DA:538,102266 DA:539,102952 DA:540,102266 DA:544,204454 DA:545,102266 DA:546,102266 DA:547,102266 DA:548,102266 DA:549,102266 DA:550,306954 DA:552,102266 DA:554,102266 DA:555,102266 DA:569,6 DA:570,12 DA:575,24 DA:576,3 DA:577,3 DA:578,3 DA:580,6 DA:582,1893664 DA:583,9 DA:585,9 DA:590,18 DA:591,18 DA:592,4 DA:594,16 DA:595,16 DA:596,32 DA:598,7 DA:609,5 DA:610,6 DA:615,10 DA:616,2 DA:618,10 DA:620,9 DA:623,18 DA:624,22 DA:626,5 DA:627,4 LH:222 LF:226 end_of_record SF:src/mmtf.jl DA:22,84 DA:28,81 DA:69,59 DA:70,4 DA:72,2688344 DA:77,255 DA:78,93 DA:81,16 DA:82,2 DA:83,4 DA:84,6 DA:85,0 DA:86,4 DA:87,40 DA:90,2 DA:100,157 DA:101,78 DA:113,42 DA:115,40 DA:116,40 DA:117,188 DA:118,136 DA:120,205 DA:128,40 DA:131,190 DA:133,284 DA:136,21412 DA:137,42824 DA:139,182974 DA:140,2060623 DA:169,80 DA:170,0 DA:173,40 DA:174,190 DA:175,190 DA:178,40 DA:179,40 DA:191,386 DA:194,768 DA:197,194 DA:199,190 DA:219,6 DA:220,27 DA:228,63 DA:229,24 DA:232,25 DA:233,25 DA:234,2 DA:236,23 DA:237,23 DA:238,46 DA:244,23 DA:245,123501 DA:246,134 DA:248,134 DA:251,246963 DA:257,162 DA:260,246924 DA:261,493848 DA:265,48783 DA:267,186 DA:268,186 DA:270,186 DA:271,163 DA:272,163 DA:278,930 DA:285,33843 DA:286,9355 DA:288,11281 DA:294,11281 DA:295,370317 DA:298,112181 DA:303,134493 DA:304,223862 DA:306,10961 DA:310,22562 DA:311,33489 DA:324,22562 DA:325,22882 DA:326,33843 DA:327,11281 DA:328,33843 DA:330,22562 DA:331,22562 DA:335,494181 DA:336,246924 DA:337,246924 DA:338,246924 DA:339,246924 DA:340,246924 DA:341,370386 DA:344,46 DA:345,23 DA:346,23 DA:348,23 DA:349,23 DA:350,23 DA:351,23 DA:352,23 DA:356,23 LH:98 LF:100 end_of_record SF:src/model.jl DA:106,611500 DA:119,1024 DA:131,70641 DA:145,93 DA:151,777 DA:159,740 DA:169,248 DA:178,782414 DA:195,247 DA:197,99 DA:199,739 DA:201,70 DA:203,80 DA:205,1458 DA:206,138 DA:208,112 DA:215,141274 DA:238,54365 DA:241,0 DA:247,316221 DA:250,611365 DA:251,10 DA:259,82 DA:262,1 DA:263,1 DA:268,1896926 DA:271,70608 DA:272,6 DA:277,1226 DA:280,3 DA:281,1 DA:286,613386 DA:287,101 DA:290,717 DA:295,3 DA:300,613413 DA:303,668 DA:304,2 DA:309,15 DA:310,1448 DA:313,1 DA:318,3 DA:324,632150 DA:325,311645 DA:327,8860 DA:328,8 DA:329,8 DA:330,0 DA:331,0 DA:333,8852 DA:334,2796 DA:335,2796 DA:336,0 DA:337,0 DA:338,0 DA:339,0 DA:341,6056 DA:342,6056 DA:343,6052 DA:344,4 DA:345,0 DA:346,4 DA:347,0 DA:348,4 DA:349,0 DA:353,2 DA:363,98 DA:364,8140 DA:373,85539 DA:374,34386 DA:376,51151 DA:380,498 DA:387,30 DA:388,2 DA:395,18 DA:396,11173 DA:405,6 DA:406,2 DA:413,14 DA:414,11167 DA:423,2 DA:424,2 DA:431,40 DA:432,11167 DA:441,2 DA:442,2 DA:449,26 DA:450,12 DA:460,7225 DA:461,1 DA:466,3612 DA:470,2 DA:480,2 DA:481,168 DA:490,18 DA:491,166 DA:502,51361 DA:503,225 DA:505,51134 DA:509,424 DA:519,51269 DA:520,133 DA:522,51134 DA:526,268 DA:533,2 DA:534,956 DA:535,4 DA:545,843933 DA:546,2 DA:547,2446 DA:555,30 DA:556,26 DA:567,30 DA:571,6 DA:572,2 DA:574,1 DA:585,46005 DA:594,7164 DA:595,14280 DA:598,2 DA:606,7 DA:607,2 DA:618,190649 DA:619,111474 DA:621,79123 DA:625,607786 DA:626,370 DA:627,29 DA:635,487782 DA:636,119 DA:637,24 DA:638,1217 DA:646,487782 DA:647,119 DA:648,2 DA:649,103 DA:663,288478 DA:664,21615 DA:665,1536 DA:666,3062 DA:668,10 DA:671,20079 DA:672,20076 DA:674,3 DA:678,52146 DA:679,1745 DA:680,3478 DA:682,12 DA:685,50401 DA:686,100798 DA:688,2 DA:694,16 DA:698,611382 DA:699,27307 DA:700,27307 DA:702,0 DA:705,584075 DA:706,1168150 DA:708,0 DA:720,2280124 DA:721,16 DA:723,1140032 DA:727,18 DA:734,6 DA:735,6 DA:743,8 DA:744,22 DA:751,1266 DA:760,42 DA:769,6900 DA:781,2253 DA:782,2373 DA:788,2 DA:792,6 DA:793,2 DA:795,1 DA:804,5830242 DA:805,295 DA:806,5830244 DA:807,2976 DA:808,2 DA:816,9647538 DA:817,30 DA:824,4 DA:831,6 DA:839,4947012 DA:840,768 DA:841,3974 DA:842,8 DA:843,4950988 DA:844,2 DA:852,44 DA:853,340251 DA:862,9688 DA:865,61 DA:866,30 DA:868,1 DA:879,8 DA:882,6 DA:883,4 DA:885,1 DA:895,38 DA:896,6 DA:897,26 DA:898,6 DA:899,16 DA:900,82 DA:901,2 DA:909,201 DA:910,14 DA:918,6112 DA:926,6 DA:935,1456 DA:941,5954 DA:946,2898832 DA:947,4617 DA:948,2889598 DA:949,2726850 DA:950,56136 DA:951,1387440 DA:952,1372459 DA:953,516715 DA:954,855744 DA:955,395166 DA:956,4 DA:961,871944 DA:969,10152486 DA:971,4350984 DA:975,56 DA:976,5 DA:977,51 DA:978,1 DA:979,50 DA:980,9 DA:982,41 DA:983,160 DA:986,121 DA:989,0 DA:994,2222490 DA:1008,6236 DA:1010,1556 DA:1011,1550 DA:1012,7 DA:1014,1 DA:1017,8 DA:1023,1763 DA:1024,1 DA:1026,2974 DA:1030,3307 DA:1031,1 DA:1033,5518 DA:1037,2 DA:1038,1 DA:1040,358404 DA:1044,1026058 DA:1045,1 DA:1047,1945057 DA:1055,7 DA:1056,1 DA:1058,6 DA:1059,4 DA:1061,1 DA:1068,2 DA:1069,1 DA:1071,5 DA:1075,10 DA:1076,1 DA:1078,5323 DA:1088,87 DA:1089,68 DA:1090,51484 DA:1091,11685258 DA:1093,1 DA:1094,9 DA:1096,2 DA:1097,3 DA:1106,6 DA:1107,822 DA:1108,10 DA:1118,1654 DA:1119,1680 DA:1121,832 DA:1132,2 DA:1134,4 DA:1136,16 DA:1138,6 DA:1141,13 DA:1142,13 DA:1143,31797 DA:1144,15933 DA:1147,13 DA:1154,2 DA:1166,44 DA:1169,28 DA:1180,34 DA:1181,24 DA:1183,5 DA:1187,2 DA:1189,4 DA:1191,10 DA:1194,6 DA:1195,6 DA:1196,12 DA:1198,6 DA:1201,2 DA:1204,10 DA:1205,10 DA:1206,3965 DA:1207,1992 DA:1210,10 DA:1216,4 DA:1228,75 DA:1231,16 DA:1244,85 DA:1245,96 DA:1247,5 DA:1253,121 DA:1254,91 DA:1255,230 DA:1257,91 DA:1265,328 DA:1267,12 DA:1268,2470 DA:1269,4876 DA:1271,2534 DA:1274,12 DA:1276,138 DA:1280,2 DA:1283,130 DA:1284,390 DA:1286,0 DA:1290,13 DA:1293,12 DA:1294,6 DA:1295,7840 DA:1296,2886 DA:1299,6 DA:1306,78 DA:1323,191 DA:1338,253 DA:1339,282 DA:1341,16 DA:1348,1403 DA:1349,1367 DA:1350,321569 DA:1352,1367 DA:1359,1048691 DA:1361,71385 DA:1362,342660 DA:1363,684150 DA:1365,343832 DA:1368,35719 DA:1370,488580 DA:1375,236 DA:1376,99 DA:1379,170 DA:1383,2 DA:1386,1182 DA:1387,2356 DA:1389,1 DA:1397,3061 DA:1414,4607 DA:1425,1222764 DA:1426,715 DA:1429,611382 DA:1431,611382 DA:1432,70508 DA:1438,70508 DA:1439,540874 DA:1442,1620846 DA:1443,540194 DA:1447,792 DA:1456,176 DA:1461,592 DA:1462,1184 DA:1466,0 DA:1472,0 DA:1475,611382 DA:1486,1834146 DA:1487,1220654 DA:1489,6330 DA:1492,1161 DA:1494,0 DA:1496,1053 DA:1497,11187 DA:1503,4 DA:1506,0 DA:1508,0 DA:1509,0 DA:1514,6 DA:1519,0 DA:1523,298 DA:1524,654 DA:1526,711 DA:1527,70453 DA:1528,70364 DA:1530,178 DA:1531,72174 DA:1540,141084 DA:1543,0 DA:1544,1018 DA:1557,4161 DA:1560,2 DA:1562,1055 DA:1575,187607 DA:1576,15688 DA:1587,42048 DA:1588,2536 DA:1601,102470 DA:1614,75129 DA:1627,15987 DA:1642,19999 DA:1651,8 DA:1662,3263 DA:1676,4863 DA:1687,6 DA:1698,57292 DA:1699,4 DA:1712,2275 DA:1713,3492 DA:1727,2 DA:1728,2 DA:1748,18728 DA:1752,9388 DA:1753,9386 DA:1754,35637 DA:1755,46412 DA:1757,276 DA:1760,17841 DA:1761,11891 DA:1764,9386 DA:1785,8 DA:1786,5 DA:1787,10 DA:1806,12 DA:1823,8 DA:1825,119587 DA:1830,4 DA:1836,12 DA:1844,8 DA:1846,13671 DA:1850,4 DA:1855,11 DA:1864,8 DA:1871,3 DA:1878,5 DA:1884,4 DA:1889,9 DA:1896,3 DA:1901,12 LH:428 LF:450 end_of_record SF:src/pdb.jl DA:33,2 DA:41,17 DA:47,2 DA:63,0 DA:64,0 DA:65,0 DA:66,0 DA:67,0 DA:68,0 DA:70,0 DA:71,0 DA:72,0 DA:74,0 DA:76,0 DA:77,0 DA:79,0 DA:81,0 DA:85,0 DA:87,0 DA:100,0 DA:101,0 DA:102,0 DA:103,0 DA:104,0 DA:105,0 DA:107,0 DA:108,0 DA:109,0 DA:111,0 DA:113,0 DA:114,0 DA:116,0 DA:121,0 DA:123,0 DA:135,0 DA:136,0 DA:137,0 DA:138,0 DA:150,0 DA:151,0 DA:152,0 DA:153,0 DA:154,0 DA:155,0 DA:156,0 DA:158,0 DA:160,0 DA:162,0 DA:163,0 DA:165,0 DA:170,0 DA:172,0 DA:208,0 DA:210,0 DA:211,0 DA:214,0 DA:216,0 DA:219,0 DA:220,0 DA:221,0 DA:224,0 DA:225,0 DA:227,0 DA:230,0 DA:231,0 DA:234,0 DA:235,0 DA:237,0 DA:238,0 DA:239,0 DA:240,0 DA:242,0 DA:245,0 DA:246,0 DA:247,0 DA:248,0 DA:250,0 DA:254,0 DA:255,0 DA:256,0 DA:257,0 DA:259,0 DA:262,0 DA:263,0 DA:264,0 DA:266,0 DA:271,0 DA:275,0 DA:279,0 DA:280,0 DA:281,0 DA:282,0 DA:283,0 DA:284,0 DA:286,0 DA:287,0 DA:290,0 DA:291,0 DA:293,0 DA:297,0 DA:298,0 DA:299,0 DA:301,0 DA:326,0 DA:327,0 DA:328,0 DA:329,0 DA:344,0 DA:346,0 DA:348,0 DA:349,0 DA:350,0 DA:351,0 DA:353,0 DA:354,0 DA:355,0 DA:357,0 DA:359,0 DA:360,0 DA:363,0 DA:387,0 DA:388,0 DA:423,0 DA:424,0 DA:426,0 DA:428,0 DA:429,0 DA:430,0 DA:432,0 DA:434,0 DA:444,66 DA:449,126 DA:452,720192 DA:454,640663 DA:458,27409 DA:459,300 DA:460,600 DA:462,1 DA:466,299 DA:467,299 DA:470,27109 DA:471,347738 DA:475,59 DA:476,341 DA:477,341 DA:481,59 DA:482,59 DA:489,474 DA:490,582 DA:495,1281362 DA:516,640686 DA:517,640681 DA:519,1 DA:524,640686 DA:525,320341 DA:527,1 DA:532,640686 DA:533,320340 DA:535,1 DA:540,640686 DA:541,320341 DA:543,1 DA:548,640686 DA:549,320339 DA:551,2 DA:556,640684 DA:557,640679 DA:559,1 DA:564,640684 DA:565,320339 DA:567,1 DA:572,640684 DA:573,640678 DA:575,2 DA:580,640682 DA:581,640675 DA:583,3 DA:588,640678 DA:589,640673 DA:591,1 DA:596,640674 DA:597,640673 DA:599,1 DA:604,640674 DA:605,640673 DA:607,1 DA:612,640674 DA:613,320337 DA:615,1 DA:620,640674 DA:621,320337 DA:623,1 DA:630,102320 DA:631,1022790 DA:632,3 DA:634,1022784 DA:651,51148 DA:652,51148 DA:653,51148 DA:654,51134 DA:657,14 DA:658,6 DA:661,40 DA:662,2 DA:665,36 DA:667,22 DA:668,4 DA:670,16 DA:671,7 DA:673,2 DA:675,18 DA:697,869258 DA:721,41 DA:724,20 DA:749,153399 DA:750,4 DA:773,76 DA:774,40 DA:784,20 DA:785,3 DA:786,42 DA:788,42 DA:789,0 DA:791,42 DA:792,42 DA:793,84 DA:796,6 DA:797,10 DA:808,178 DA:810,51131 DA:811,102298 LH:103 LF:231 end_of_record SF:src/spatial.jl DA:51,12 DA:61,2 DA:64,0 DA:82,1245080 DA:83,2 DA:84,415029 DA:85,3637968 DA:86,3637968 DA:87,5456951 DA:89,415027 DA:93,2 DA:102,12 DA:103,7 DA:104,6 DA:105,8 DA:106,7220 DA:108,6 DA:118,66 DA:133,9 DA:134,3 DA:144,33 DA:145,8 DA:147,24 DA:149,6 DA:155,4 DA:159,64 DA:160,120 DA:163,120 DA:166,180 DA:168,60 DA:174,8 DA:175,366 DA:176,366 DA:177,366 DA:179,366 DA:182,8 DA:183,0 DA:186,24 DA:193,31 DA:194,0 DA:204,11 DA:224,20 DA:225,2 DA:229,8 DA:238,18 DA:239,2 DA:240,2 DA:241,2 DA:242,8 DA:245,18 DA:267,12 DA:268,1 DA:272,5 DA:281,10 DA:282,2 DA:283,2 DA:284,2 DA:285,8 DA:288,6 DA:305,414976 DA:306,207488 DA:307,207488 DA:308,207488 DA:309,558086 DA:311,21755160 DA:312,44068406 DA:316,207488 DA:320,45804 DA:336,311237 DA:340,224 DA:355,2 DA:362,8 DA:379,2156 DA:388,3237 DA:406,436 DA:407,218 DA:408,436 DA:409,1 DA:410,434 DA:411,0 DA:412,434 DA:413,0 DA:414,434 DA:415,0 DA:417,217 DA:421,3656 DA:422,4 DA:423,1 DA:426,8 DA:427,1 DA:429,2 DA:445,1340 DA:446,670 DA:447,1340 DA:448,240 DA:449,860 DA:450,0 DA:451,860 DA:452,0 DA:453,860 DA:454,0 DA:456,430 DA:460,3656 DA:461,4 DA:462,1 DA:465,8 DA:466,1 DA:468,2 DA:484,1340 DA:485,670 DA:486,1340 DA:487,239 DA:488,862 DA:489,0 DA:490,862 DA:491,0 DA:492,862 DA:493,1 DA:495,430 DA:499,3656 DA:500,4 DA:501,1 DA:504,9 DA:505,1 DA:507,2 DA:523,2 DA:524,1 DA:525,0 DA:528,1 DA:530,1 DA:533,213 DA:534,213 DA:535,213 DA:536,213 DA:538,0 DA:539,213 DA:542,426 DA:546,1 DA:562,6 DA:563,3 DA:564,1 DA:567,2 DA:569,2 DA:572,668 DA:573,665 DA:574,665 DA:575,426 DA:577,239 DA:578,904 DA:581,1339 DA:585,2 DA:601,4 DA:603,2 DA:604,0 DA:609,2 DA:612,668 DA:613,665 DA:614,665 DA:615,426 DA:617,239 DA:618,904 DA:621,1339 DA:625,2 DA:627,2 DA:643,4 DA:678,5 DA:710,5 DA:713,207951 DA:716,4 DA:717,2 DA:720,4 DA:721,4 DA:724,2 DA:728,2 DA:734,1 DA:736,1 DA:737,4 DA:738,40 DA:739,24 DA:743,1 DA:747,4 DA:749,1 DA:750,4 DA:752,478 DA:753,207662 DA:755,104309 DA:759,4 DA:764,1 DA:765,1 DA:766,4 DA:767,44 DA:770,1 DA:774,4 DA:775,1 DA:776,4 DA:777,478 DA:778,103830 DA:780,104309 DA:783,4 DA:788,1 DA:789,1 DA:790,1 DA:791,1 DA:792,1 DA:795,1 DA:800,1 DA:801,1 DA:802,1 DA:803,1 DA:804,1 DA:807,1 DA:821,1 DA:823,1 DA:824,228 DA:827,207936 DA:828,103968 DA:829,1047 DA:830,102921 DA:831,1572 DA:832,101349 DA:833,1535 DA:837,207936 DA:839,228 DA:843,0 DA:853,2 DA:856,2 DA:857,2 DA:858,216 DA:859,216 DA:860,45584 DA:861,23008 DA:865,2 DA:866,2 LH:218 LF:233 end_of_record <<<<<< EOF